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■將出版權授予教學科研單位
■圖書發行主渠道向個人開放
■規範政府評獎活動
■職稱評審“專利化”，聘用市場化
■徹底取消人才單位所有制
■加大對圖書館的財政投入
■淡化對學歷、學位的要求
■取消核心刊物制度，代之以核心論文制度
■加大制裁力度
學術腐敗的原因是多方面的，但主要原因是與學術相關的制度未能隨經濟體制的改革而變遷。因此，要治理學術腐敗，主要應當依靠制度變革。
一、將出版權授予教學科研單位
凡教學科研單位可以不經過出版社而直接向國家登記書號，打破出版社壟斷書號的局面。盜書號（盜用別的書已經用過的書號）、假書號（隨便編造一個出版社和書號）的問題之所以愈演愈烈，與出版社壟斷書號有關。
書號，不過是書的一個號碼，就像人的身份證號碼一樣，本身沒有任何市場價值。但是，書號現在卻成了緊俏的“商品”，價格年年升高，一般的學者買不起書號，於是盜書號、假書號應運而生。此外，出版社的編審、發行人員不識貨，使得許多學者即使拿出血本，出版社也不願意賣給他書號。
從長遠來看，解決盜書號、假書號等問題的最好辦法，應該是打破出版社對書號的壟斷。
如果國家能夠無限量地向教學科研單位發放學術書號，只徵收極低的書號稅，這樣，出版社就不能再靠書號發財了。學者們可以通過單位向國家申請書號，就無需買書號、盜書號、假造書號了。
二、圖書發行主渠道向個人開放
通過買書號、盜書號、假造書號出版的學術著作印數往往小得驚人。自認爲有價值的，一般印上一兩百本，送送朋友就算了事。自認爲沒有價值的，往往只印幾十本甚至幾本，僅僅在評職稱時纔拿出來“與讀者見面”。這樣的書有什麼社會效益呢？
學術著作要發揮社會效益必須進入圖書館，然而憑作者個人向圖書館發行圖書，成本太高。
如果作者要使自己的學術著作能夠進入圖書館以發揮社會效益，就必須想辦法搞到足夠的錢贊助出版社，而搞錢的過程往往就是一個腐敗的過程。出版社得到足夠的贊助（不管印數多少都盈利）之後，再通過新華書店向圖書館發行圖書，做無任何風險絕對盈利的買賣。即使該書發行量很大，出版社也不會退還作者一分錢的贊助費。所以，出版社接受贊助的過程，實際上也是一個腐敗的過程。這樣，學者若想發揮學術影響，不僅要會做學問，還要承擔全部市場風險，不享受任何市場利潤，卻還要學會搞腐敗。
要使學術著作不通過腐敗渠道也能進入圖書館，就必須進行體制改革，新華書店發行主渠道就應當向作者個人開放，只要是合法出版的圖書，作者都可以通過新華書店向圖書館發行。財務制度上，應當允許新華書店直接和個人結賬。這樣，作者無須買書號，無須搞贊助，並可以根據訂數決定印數。
三、規範政府評獎活動
有些政府評獎活動有可能成爲助長學術腐敗的溫牀，成爲亦官亦學人士的“交易所”。更重要的是，一些政府評獎活動難免受政府行爲的影響，而政府行爲是功利化的，於是，受政府評獎活動影響的學術活動也就越來越趨向功利化，使學術喪失品位，喪失本分。因此，建議規範政府評獎活動。
四、職稱評審“專利化”，聘用市場化
各單位自己評審職稱的制度弊端太多，情感因素難以避免，投機取巧有機可乘，論資排輩無法根除。雖說政府人事部門已通過政策進行把關，但是報誰、不報誰，人事部門只能把住太差的申報者的關，卻把不住應報而不報問題的關。且政府標準也不統一，政策年年變，導致不公和腐敗在所難免。
有些單位爲了防止人才流動，故意在評職稱上對優秀人才進行打壓：不過40歲不評副高，不過45歲不評正高（因爲引進人才的單位一般都要求40歲以下的副高和45歲以下的正高）。而那些水平一般的人則往往能夠較早地評上相應的職稱，這些人雖然年輕並有高級職稱，但由於水平一般，沒有別的單位願意引進，因而原單位不擔心他們流動。
要擺脫單位因素對評職稱的不良影響，應當改單位申報製爲個人申報制，任何人都可以直接向國家申報任何種類、任何級別的職稱，不受資歷、學歷、學位的限制，就像任何人都可以向國家申請任何種類、任何級別的專利一樣。
授予職稱的條件和程序應當法定化，主要成果應當向全社會公佈（尤其是申報高級職稱的），就像授予專利的條件和程序法定化一樣。這樣，那些抄襲的、剽竊的、粗製濫造的、有版無印數的、盜用書號的、假造書號的各種“成果”就很難矇混過關。
獲得職稱的人，能否找到相應的工作，獲得相應的職務，完全應當由市場說了算，這就像專利技術能否發揮效益完全應當由市場決定的道理一樣。
職稱評審“專利化”的建議，十年前就有人提過，但未能受到重視。筆者認爲這是一個極好的建議。
五、徹底取消人才單位所有制
這是一個老話題，但是一直未能解決。各單位阻止人才流動的辦法很多，有的搞合同陷阱，有的向意圖引進人才的單位施加壓力，有的提出經濟補償的無理要求，有的則故意不給評職稱。因此，要想混得好，光搞學問是不夠的，還得會鑽營；不會鑽營想走都走不成。
如果能夠徹底打破人才的單位所有制，許多不公平問題可以大大緩解。你不願意聘用我，有人願意聘。徹底搞活用人制度，由市場配置人才，搞學術腐敗的單位將很難留住人才。因此，爲了生存，搞學術腐敗的單位也不得不有所收斂。
六、加大對圖書館的財政投入
圖書館無錢買書是學術著作出版難並導致學術腐敗的重要原因之一，故建議加大對圖書館的投入。
政府用於各種學術項目的費用和各種評獎的費用，其市場作用是擴大供給，而不是刺激需求。只有供給而沒有購買能力的市場是一個無效的市場。如果將這些錢投入到圖書館，則會擴大學術著作的市場需求。有了需求，則不怕沒有供給，學術著作出版難的問題可以得到相當程度的解決。
此外，由財政撥付給幹部、職工的書報費也是一個很大的數字，而這筆錢是否全部用於購買報刊圖書也值得懷疑，不如將這筆錢全部投入到圖書館，以加大學術著作和學術刊物的購買力。
七、淡化對學歷、學位的要求
學歷僅僅表明學過某種知識，學位也是對刻苦學習的一種精神鼓勵，它們都不能等同於實際工作能力。但在實際中，許多單位已將學歷、學位等同於能力。有些單位規定，非碩士不能當教授，非博士不能當導師。一個單位能否獲得學位點，其專業人員的學位結構已經成爲關鍵問題之一。有些單位在招聘人才的時候，也一味強調高學歷、高學位，而不管應聘者是否有水平有能力。於是，不管一個如何蹩腳的博導帶出來的一個如何蹩腳的博士，也同樣能夠獲得金飯碗。這樣一來，水平再臭的博士點也不怕招不到學生，因而該博士點的博導們就可以放心地搞腐敗而不必認真做學問。
如果淡化對高學歷、高學位的要求，重視人才的真實水平和實際能力，那麼，考碩士、考博士的人就要認真考慮所要報考的學位點的真實水平。這樣一來，搞腐敗的碩士點、博士點招生恐怕就很困難了。
八、取消核心刊物制度，代之以核心論文制度
核心刊物制度的弊病越來越大。一是標準難以把握。有不少刊物是由來頭大的單位辦的，你能不承認它是核心刊物嗎？不能！水平再差，也得承認它是“核心刊物”。二是權權交易。核心刊物有發表文章的權力，學術單位的領導幹部有人事、招生、授學位和財務權力，於是，你發表我的文章、我讓你讀在職博士等權權交易就順理成章了。三是權錢交易。我有版面，你有錢，只要你給我錢，我就發你的文章。於是，“版面費”這玩藝就越來越不稀奇了，核心刊物靠版面費發財；有“本事”提供版面費的人，不管文章有多臭，照樣得大獎，當教授，做博導。四是“對敲”。所謂“對敲”，就是你發我的文章，我發你的文章，形成“互助組”、“合作社”。因此，不管你的水平如何，只要能混上一個主編、副主編，不愁成不了大學者、著名學者、大師級學者。
基於上述弊端，筆者建議取消核心刊物制度而代之以核心論文制度。原來專門從事核心刊物認定的機構今後可以專門從事核心論文的認定工作。核心論文的認定比論文評獎要好操作，它可以不考慮功利性而只考慮學術性。認定程序上，可以由各個刊物自薦，由專門機構統籌。核心論文制度有利於所有的論文在同一起跑線上平等競爭，也有利各個刊物的平等競爭，同時腐敗也可能被大大地抑制。
九、加大制裁力度
經濟領域裏的違規行爲，一旦被查處，制裁力度是很大的，不僅罰款、判刑，還要附加幾年內不得擔任總經理、董事長的處罰。侵犯商標權、專利權的，嚴重的也可以判刑。偏偏學術腐敗行爲，幾乎沒有什麼有威力的處罰，至多是批評和紀律處分，這種狀況應當改變。建議對那些抄襲的、剽竊的、強行在別人的成果上署名的、盜用別人書號的、有版無印數的行爲，設置必要的法定製裁措施。(劉大生)
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