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從2008年9月起，南開大學將實施研究生培養機制改革，以新的獎助學金體系代替原有的公費、自費研究生培養制度。在學全日制博士生、碩士生可通過申請優秀獎學金和各類助學金獲得培養費和生活費。
屆時，南開大學65%的碩士研究生、100%的博士研究生每年都將獲得由學校提供的不同等級的獎學金(含研究生培養費和生活費)。其中兩年制碩士研究生三個等級的獎學金分別爲每年1.43萬元、1.31萬元和1.19萬元；三年制碩士研究生三個等級的獎學金分別爲每年1.18萬元、1.06萬元和0.94萬元；博士研究生四個等級的獎學金分別爲每年2.16萬元、1.92萬元、1.68萬元和1.2萬元。
第一學年，研究生獎學金的評定主要依據其入學的初試和複試成績來確定，推薦免試研究生最低享受二等獎學金。第二和第三學年則根據研究生的綜合表現，每年重新評定一次獎學金。享受研究生獎助學金的時間僅限於基本學制期限內。
除了獎學金外，南開大學研究生還可申請助研、助管、助教三類崗位津貼的助學金。助研津貼主要面向博士研究生，全部由導師科研經費提供。旨在鼓勵他們通過參加導師承擔的科研項目提高研究水平能力，額度從每月80元至200元不等。此外，導師有權根據碩士研究生參與科研項目情況，給他們提供適當數額的科研津貼。助管津貼面向碩士研究生，分爲每月150元和每月300元兩個等級。助教津貼面向博士研究生，每月400元。
南開大學研究生院李靖副院長表示，以前將研究生分爲計劃內和計劃外的方式是固態的一考定終身，不利於激勵計劃內的學生繼續保持學習和研究的熱情，也沒有給入學時成績略遜一些的計劃外學生以奮發的動力。現在實施的獎助學金制度則是給每名學生爭取更高等級獎助學金的機會。而獎助學金覆蓋面的擴大也可以讓學生全身心地投入到學習中。這也與國際上通行的獎助學金制接軌。
此外，南開大學要求招收博士研究生的導師都要有科研項目，能夠爲研究生提供助研崗位，並從科研經費中劃撥助研津貼，這一方面加強了導師對學生的指導作用，另一方面也使研究生能夠參與到高層次的科研中，提高科研能力。
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