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作爲教育部研究生培養機制改革的試點高校，浙大此次改革旨在建立以科研爲導向的研究生培養模式、導師負主責的研究生培養機制，在獎助體系上更加側重激發研究生的創新熱情和創新實踐，並擴大學院和導師在研究生選拔、培養研究生上的自主權。 新的研究生培養機制改革方案規定，導師指導研究生應保持合理規模，保證有充分的精力培養每位研究生。碩士生導師每年招收研究生一般不超過3人，博士生一般不超過2人，包括免試生、直博生、提前攻博生等。院士和長江學者、求是特聘教授、優博論文導師可適當增加名額。從2008年春季開始，列入今年浙大招生目錄的兩院院士、長江特聘教授、國家傑出青年基金獲得者、優博論文(含提名獎)指導老師等約120名博導，可以以自主招生形式招收1名博士研究生。 而在研究生獎助體系中，也將打破以往“大鍋飯”、“一刀切”的形式，依據研究生的學業基礎、培養潛質、綜合表現及經濟條件進行分配。今後，100%的非在職博士生可獲得一等基本助學金，衝抵全額培養費；90%的非在職碩士生可獲得一等、二等助學金，衝抵全額或半額培養費，其等級在研究生複試時申請並確定。 研究生入學後，還可申請崗位助學金用於生活費，包括研究生通過承擔研究助理、教學助理和管理助理等工作獲得崗位酬金。學校每年面向研究生設立220個固定助管崗位和375個助教崗位。70%至90%的碩士研究生可以獲得助研經費，一、二、三等獎分別爲每年9600元、8400元、7200元左右。博士研究生可獲得一、二、三等獎分別爲每年18000元、14400元和12000元左右。
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