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進入21世紀，中國的通識教育獲得越來越多的關注，很多大學開始身體力行的實踐。但是，通識教育面臨着三個具有中國特色的難題：一個是大學教育向職業教育看齊，一個是大學教育被中學教育牽制，另一個是大學教育被公共課和專業課分割——這直接導致通識教育任務重、時間少。
有人把通識教育等同於博雅教育，也有人認爲通識教育與專業教育相對、博雅教育與職業教育相對。不管兩者有無區別，通識教育在中國都要承擔博雅教育的任務，因爲中國大學正在成爲職業學校。上大學與將來的工作直接相關，就業率成爲大學的緊箍咒，教育主管機構據此分配招生名額，學生據此決定是否報考。各個方向的壓力，促使大學的專業教育變成職業教育。
2008年1月，一位上海市政協委員向市政協遞交提案，建議實現職業教育與普通高校學分互認，他認爲：“高校畢業生目前就業困難，很大一個原因是他們在校學習理論多而職業培訓少，與社會所需相脫節。”在專業教育和職業教育沒有區分的情況下，通識教育和博雅教育也無法完全分開。
通識教育在大學的困境，一方面與職業教育的趨勢有關，另一方面又與中學教育有關。在中學就文理分科的學生，到了大學進行通識教育，就像一個人被一分爲二，再要被縫合起來，再高明也會留下痕跡。
中學教育的悖論在於：一方面強調分科，另一方面又嚴禁偏科。中學科目等級森嚴，由於高考、就業等因素，理科被認爲比文科高出一等；分科之後，高考科目被視爲主科、屬於重中之重，非高考科目則是副科、無足輕重；文理科都無需考試的科目，幾乎被看作零。因此，語數外是絕對的第一集團，其次是物理、化學、歷史、地理等，音體美則是可以忽略的。
弔詭的是，這種分科又不允許學生培養自己的愛好，因爲那有偏科之嫌。一名中學生，熟練掌握英語卻對音樂一竅不通，沒有誰會認爲他偏科，對音樂瞭如指掌卻不懂英語，那就是絕對的偏科。偏科這個說法，本身就是建立在分科的等級制上。
學生帶着這種畸形的知識結構進入大學，指望通識教育對此進行修復，談何容易。更何況，通識教育和公共課又在時間上構成衝突。對於大學生來說，通識教育不是專業課，與以後的就業沒有直接關係，是另一種公共課。既有的公共課已經佔用大量課時，通識教育再使用部分課時，扣除大四求職時間，大學期間用來進行專業教育的時間就極爲有限了。
在通識教育的實踐中，最常見的做法是文科學點理工科、理工科學點文科，於是文科學生要讀高等數學、高等物理，理工科學生要讀大學語文。奧運冠軍劉璇，在北京大學新聞學院讀書，卻因爲高等數學險些無法畢業。這種事倍功半的通才教育，是對通識教育的誤解。
通識教育的培養目標不是百事通，而是成熟的社會公民。所以，通識教育的課程不是從各個學科分別抽出一門拼湊在一起就可以，而是要有專門設計。即使有交叉，教學方法也應有所區別，例如通識教育中涉及到法治理念的問題，跟法律系的專業課程就不能等同。
英國教育家紐曼曾經作過一個大膽假設：如果把重要的學科排除在大學課程之外，致使真理的事業蒙受損失，那麼學生所遭受的損失也斷然不會少，因爲學生從大學裏獲得的主要才智收穫，並不主要來自他對所選具體知識分支的學習，而是更多來自生活於洋溢着普遍知識的氛圍之中。這個假設當然不可能變成現實，但是紐曼提醒我們，課程僅僅是大學生獲得知識的來源之一，重要的是大學氛圍，所以，他極力反對非寄宿制大學。
通識教育同樣如此，課程所能提供的非常有限。從這個角度來說，復旦大學的通識教育讓不同專業、不同地域的同學交叉居住，這種嘗試就很有意義，這決不僅僅是宿管制度的變革。
除此之外，通識教育還需要更多的空間，學生不僅在課堂，只要進入大學就能處於一種通識教育的氛圍之中，比如大學圖書館應該專門開設通識教育的分館，集中陳列適合這一階段學生閱讀的圖書，與研究型圖書館區別開來，後者收藏的主要是原始資料和研究型著作。同時，師生之間還應該有比較充分的非課堂交流時間，課堂交流是“言傳”，非課堂交流則是“身教”。
在“中國式難題”無法解決的情況下，需要進一步開拓通識教育的空間和時間，不能寄希望於開設幾門課程就能解決問題。
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