8月24日，臺灣中時集團《旺報》刊發社評《陸生三法的重大缺憾》，文章認為，『陸生三法』的限制條款有嚴重歧視性。臺灣對優秀大陸學生采取防堵做法，在人纔競爭戰上已經輸在起跑點。對比大陸正不斷釋放各種優惠條件給臺灣學生，日後出現臺灣對大陸的單方向、大規模人纔流失，也並非危言聳聽。

　　修正後『陸生三法』包含不采認大陸高校醫事學歷的規定，引起就讀大陸高校臺灣學生強烈不滿，他們甚至表示要運用法律程序維護自己的利益。福建省社科院吳能遠研究員認為：『一個原因是臺灣醫學界勢力比較大，形成一個龐大的、盤根錯節的利益集團，不願意它的既得利益受到稀釋。第二個原因跟意識形態有關，也就是對大陸的醫事教育有歧視，當然對於臺生來說這是非常不公平的，根據臺灣方面的一些民意代表和一些評論認為，很可能學生的行動最終會勝訴。』

　　8月19日，就在『陸生三法』通過當天，中國國務院臺灣事務辦公室新聞發言人楊毅曾指出，『陸生三法』能夠通過並實施，對兩岸來說是一件好事，希望臺灣方面充分維護赴臺就讀陸生的正當權益，不應該有歧視性的待遇。相信兩岸各界的努力，未來將會使這一系列法案真正惠及交流合作和人纔交流。

　　針對臺灣方面決定部分承認大陸學歷，開放大陸學生赴臺學習的消息，教育部有關司局負責人20日表示，希望臺灣有關方面做好規劃，拿出具有吸引力的高校和專業提供給大陸學生，並采取切實措施保障赴臺學習的大陸學生的正當權益，為他們的學習和生活提供良好的環境。