而考試成績出來後，組織者會提供每一門的單獨成績，但每科成績如何使用，則由各高校根據人纔選拔需求自行決定。如復旦大學就透露，由於強調文理綜合素質，會要求報考復旦的考生提供七科的成績(每科滿分100分)，語文、數學、英語成績乘以2，加上歷史、政治、物理、化學成績，總分以1000分計。而有些理工科類或專業類高校，則可能會根據考生的某一個或兩個單科成績進行選拔。

　　『北大七校』各招辦負責人表示，他們希望這種聯考模式可引導基礎教育改革，不繼續在分數最大化上下工夫，而是更關注學生綜合素質的提高和全面發展，培養其興趣愛好和抱負，讓學生把自身的特長與高校培養人纔的特色、目標結合。

　　『我們從沒聽老師說過自主招生，校長推薦也肯定沒我們的份兒，都是省重點中學。』在湖北省西部某縣城中學讀高二的林娟表示，自己所在的高中，一年能考上一兩個清華、北大就不錯了，而校長推薦制對高中的選擇，都是由每年清華、北大的錄取比例決定的。自主招生、聯考，和自己一點關系也沒有。

　　林娟說，對於欠發達地區普通高中的學生來說，無論是高考還是自主招生，他們都感覺越來越處於劣勢。每年的高考中，農村學生比例都逐年下降。看了幾道名校往年的自主招生試題後，她表示，這些題包含了很多時政內容，甚至還有現代詩、新銳電影，她根本看不懂也做不出來。『還不如高考，死記硬背對於我們來說，反而勝出的幾率更大。』作為班裡的前三名，她說，如果發揮失常，高考少考幾分，就會失去上大學的機會。『農村的孩子以前相信高考能改變命運，現在已經不相信了。考上一個三流學校，還不如在家種田。』

　　相比而言，在上海讀書的上海市位育中學學生顧寧寧(化名)則沒覺得有什麼不對。在她看來，在綜合能力、眼界甚至英語口語這些方面，上海學生無疑在全國是遙遙領先的。『既然是公平選拔，就應該以能力和素質為評判標准。』她說。

　　針對城鄉差異，2011年各高校的自主招生政策，已經開始對欠發達地區的優秀考生進行適當的政策傾斜。據悉，『清華七校』聯考考點將計劃由去年的26個省份、29個城市增加至30個省份的33個城市，增加內蒙古呼和浩特市、海南海口市、寧夏銀川市、青海西寧市。『北大七校』聯考也宣布將面向全國所有省市和自治區的學生。

　　而北京大學的『中學校長實名推薦制』，獲得推薦資格的中學已有一批縣級、農村中學和少數民族地區的優秀中學。清華大學則首次推行自主招生試點『B計劃』，針對欠發達地區的優秀考生，專家組將對初試成績要求適當放寬，而通過『B計劃』錄取的學生，除按照學校的規定給予經濟資助外，還將在學業和成長等方面給予一定的幫助和指導。

　　21世紀教育研究院副院長熊丙奇認為，在目前現狀下，農村學生在自主招生過程中，確實會覺得受到了權利的傷害。他建議，仿照美國的做法，使貧困地區家庭的孩子在自主招生中得到加分評價，如在自主招生中規定比例，來自農村的學生必須佔30%。

　　熊慶年則認為，改革需要社會條件的支橕，美國高校的市場化程度很高，彈性很大，社會監督和約束也比較成熟，和中國的現狀差異很大。教育的不公平，還是歸結到中國區域大，發展又不平衡，這不僅是自主招生纔有的問題，在曾經的全國統一高考中，也存在著不同地區的差別。既然是考試，就不能完全按個人稟賦，達到各取所需，現在的一流高校也只是為了選拔到適合自己的人纔在進行探索。『公平是一個非常復雜的問題，自主招生會涉及公平，但不要簡單的把不公平和自主招生聯系在一起。』